PerturbSeqSample {SMRUCC.genomics.Analysis.GEARS.Training}

.NET clr documentation

PerturbSeqSample

Description

一次（虚拟）扰动实验样本，等价于 Perturb-seq 中的一条记录

训练样本由三部分组成： 输入侧的 control 表达谱 —— 注意被扰动基因自身的表达值已被改写为干预值 （readme §4.2 的关键设计：扰动基因自身的表达改变会作为信息在网络中传播）；输入侧的扰动基因集合（单基因或组合扰动）；标签侧的扰动后真实表达谱。

模型实际学习的是 Δ = 扰动后表达 − 输入表达，而不是绝对表达值， 这样标签分布近似零均值、训练更稳定（readme §6.3）。

Declare

            
# namespace SMRUCC.genomics.Analysis.GEARS.Training
export class PerturbSeqSample {
   # 输入侧表达谱 [numGenes]，被扰动基因位置已被改写为干预值
   ControlExpression: double;
   # 样本描述标签，例如 "codY_Knockout" 或 "codY+luxR_Knockout"
   Label: string;
   # 本次扰动所使用的干预模式（组合扰动取第一个基因的模式）
   Mode: InterventionMode;
   # 标签侧表达谱 [numGenes]，即扰动之后的真实表达
   PerturbedExpression: double;
   # 被扰动基因的节点索引集合
   PerturbedGeneIndices: integer;
   # 被扰动基因的基因名集合，顺序与 PerturbSeqSample.PerturbedGeneIndices 一致
   PerturbedGeneNames: string;
}

        

.NET clr type reference tree

1. use by property member Mode: InterventionMode

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