ICorrelationScreener {SMRUCC.genomics.Model.Network.Regulons.LinearRegression}

.NET clr documentation

ICorrelationScreener

Description

候选调控因子的相关性筛选后端。

拟合基因调控网络的时候，每一个目标基因都需要从全体基因之中挑出与它 相关性最强的若干个候选调控因子。逐基因扫描的复杂度是 O(基因数^2 * 样本数) 的内存流量，实现这个接口之后可以把这一步换成一次分块矩阵乘法 （CPU 的 BlockCorrelationScreener，或者 GPU 上的浮点矩阵乘）。

生命周期：ICorrelationScreener.Initialize() 在 GeneRegulatoryNetwork.Fit() 开始之前被调用一次，随后 ICorrelationScreener.Query() 会被并行拟合过程并发调用， 因此实现必须是"初始化之后只读"的线程安全对象。

Declare

            
# namespace SMRUCC.genomics.Model.Network.Regulons.LinearRegression
export class ICorrelationScreener {
   # 为负相关候选保留的名额；小于等于 0 表示不启用符号配额。
   # 
   # 共表达网络里负相关的边很少，强制留出名额可以让扰动响应同时有升有降。
   NegativeQuota: integer;
}

        

.NET clr type reference tree

this clr type has no other .net clr type reference.

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