MetabolicAdapter {SMRUCC.genomics.Model.Metabolic.RouterAdapter}

.NET clr documentation

MetabolicAdapter

Description

把 GCModeller 内部标准代谢网络（化合物 + 反应的集合）装配成 RetroPath 的 逆向合成通路搜索器。

构造期一次性完成： 1) 化合物结构索引（SMILES 净化 + 元素白名单 + 解析）； 2) 反应实例 → 广义反应规则（MCS 原子映射 + 反应中心提取 + SMARTS 泛化）； 3) 底盘内源代谢物汇集合。 之后每次 @M:SMRUCC.genomics.Model.Metabolic.RouterAdapter.MetabolicAdapter.FindPathway(System.String) 只是对已装配的 Netwalk 发起一次搜索。

Declare

            
# namespace SMRUCC.genomics.Model.Metabolic.RouterAdapter
export class MetabolicAdapter {
   # compound id → 结构（净化后的 SMILES + 分子图）
   Compounds: list;
   # 挖掘得到的广义反应规则集
   Rules: iterates(Rule);
   # 逐条反应的跳过原因（reaction id → 原因），用于排查某条反应为何未进规则库
   RuleTrace: list;
   # current sink mode
   SinkMode: SinkModes;
   # 规则挖掘过程中被跳过的条目及原因计数
   Skipped: list;
   # 装配统计信息（化合物总数 / 可用结构数 / 规则数 / 汇大小 / 耗时）
   Stats: list;
}

        

.NET clr type reference tree

1. use by property member Compounds: list
2. use by property member Rules: iterates(Rule)
3. use by property member RuleTrace: list
4. use by property member SinkMode: SinkModes
5. use by property member Skipped: list
6. use by property member Stats: list

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