TrainingModel {SMRUCC.genomics.Annotation.Prodigal}

.NET clr documentation

TrainingModel

Description

训练模型 - 包含编码区模型、RBS模型、起始密码子模型

Declare

            
# namespace SMRUCC.genomics.Annotation.Prodigal
export class TrainingModel {
   # 平均基因长度
   AvgGeneLength: double;
   # 编码区六聚体频率（4096个值，索引=HexamerToIndex）
   CodingHexamerCount: double;
   # 编码区六聚体总数
   CodingHexamerTotal: double;
   # GC含量
   GcContent: double;
   # 六聚体对数似然比得分
   HexamerScores: double;
   # 训练迭代次数
   IterationCount: integer;
   # 非编码区六聚体频率
   NoncodingHexamerCount: double;
   # 非编码区六聚体总数
   NoncodingHexamerTotal: double;
   # RBS模体列表
   RbsMotifs: string;
   # RBS模体得分表
   RbsMotifScores: list;
   # RBS位置权重矩阵（行=位置，列=A/C/G/T）
   RbsPwm: Double[,];
   # 起始密码子频率
   StartCodonFreq: list;
   # 模型是否已训练
   Trained: boolean;
   # 训练使用的基因数量
   TrainingGeneCount: integer;
   # 模型版本号
   Version: string;
}

        

.NET clr type reference tree

1. use by property member RbsMotifScores: list
2. use by property member RbsPwm: Double
3. use by property member StartCodonFreq: list

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