CandidateORF {SMRUCC.genomics.Annotation.Prodigal}

.NET clr documentation

CandidateORF

Description

候选ORF（开放阅读框）

Declare

            
# namespace SMRUCC.genomics.Annotation.Prodigal
export class CandidateORF {
   # 氨基酸序列
   AaSequence: string;
   # 编码区得分（coding score）
   CodingScore: double;
   # DP累积得分
   DpScore: double;
   # 终止位置（1-based，基因组坐标）
   End: integer;
   # 阅读框编号（0, 1, 2）
   Frame: integer;
   # ORF长度（核苷酸数）
   Length: integer;
   # 核苷酸序列
   NtSequence: string;
   # 部分基因标记（5'端或3'端截断）
   PartialType: string;
   # DP前驱索引
   PrevIndex: integer;
   # 在原始序列上的终止位置（0-based，用于ORF查找内部）
   RawEnd: integer;
   # 在原始序列上的起始位置（0-based，用于ORF查找内部）
   RawStart: integer;
   # 检测到的RBS模体
   RbsMotif: string;
   # RBS得分
   RbsScore: double;
   # RBS与起始密码子的间距
   RbsSpacing: integer;
   # 是否被DP选中
   Selected: boolean;
   # 所属序列ID
   SeqId: string;
   # ORF在排序后的索引（DP用）
   SortIndex: integer;
   # 起始位置（1-based，基因组坐标）
   Start: integer;
   # 起始密码子（ATG/GTG/TTG）
   StartCodon: string;
   # 起始位点得分（start score）
   StartScore: double;
   # 终止密码子（TAA/TAG/TGA）
   StopCodon: string;
   # 链方向：'+' 正向，'-' 反向
   Strand: string;
   # 总得分 = CodingScore + StartScore
   TotalScore: double;
   # 起始密码子类型得分
   TypeScore: double;
   # 上游序列得分
   UpstreamScore: double;
}

        

.NET clr type reference tree

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