MSAMotif {SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.SequencePatterns.Motif}

.NET clr documentation

MSAMotif

Description

a sub-class of MSAOutput.

Declare

            
# namespace SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.SequencePatterns.Motif
export class MSAMotif extends MSAOutput {
   # usually be the ACGT
   alphabets: string;
   cost: double;
   countMatrix: ints[];
   edits: integer;
   # motif 显著性的估计值（越小越显著），由 @M:SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.SequencePatterns.Motif.GibbsSampler.findTopN(System.Int32,System.Int32,System.Int32,System.Double,System.Double,System.Double) 在阈值判定之中填充。
   # 
   # 注意这是一个启发式的保守估计（基于全 motif 信息量 bits 之和折算）， 并不是严格意义上的 Karlin-Altschul E-value。
   evalue: double;
   MSA: string;
   names: string;
   p: double;
   q: double;
   # 在 @M:SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.SequencePatterns.Motif.GibbsSampler.findTopN(System.Int32,System.Int32,System.Int32,System.Double,System.Double,System.Double) 的迭代式发现过程之中的发现序号，从 1 开始编号。
   rank: integer;
   rowSum: integer;
   score: double;
   size: integer;
   start: ints;
}

        

.NET clr type reference tree

1. this class extends from MSAOutput class: MSAOutput
2. use by property member countMatrix: ints
3. use by property member start: ints

---