siRNAHit {SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.siRNAHit}

.NET clr documentation

siRNAHit

Description

小RNA（miRNA/siRNA）与靶标 mRNA 的互补匹配命中结果模型。 两个算法（psRNATarget / TargetFinder）共用此结构，便于后续求交集。

Declare

            
# namespace SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.siRNAHit
export class siRNAHit {
   # 比对可视化字符串：miRNA 行 / mRNA 行
   Alignment: string;
   # mRNA 靶位点终点（1-based，对应 HSP.toB）
   EndSite: integer;
   # 量化互补质量的分数： psRNATarget 为位置加权期望值（越低越好）， TargetFinder 为加权罚分总和（越低越好）。
   Expectation: double;
   # 缺口（单侧凸起）数
   GapCount: integer;
   # 靶位点长度（nt）
   Length: integer;
   # 小RNA 序列唯一标识（FastaSeq.Title 或 locus_tag）
   miRNA: string;
   # 严格错配数（不含 G:U 与 gap）
   MismatchCount: integer;
   # 产生该命中的算法来源（"psRNATarget" / "TargetFinder"）
   Source: string;
   # mRNA 靶位点起点（1-based，对应 HSP.fromB）
   StartSite: integer;
   # 靶标 mRNA 序列唯一标识
   Target: string;
   # 是否翻译抑制候选：互补区中心（约 miRNA 第 10–11 位切割位点）存在错配时为真。
   TranslationInhibition: boolean;
   # G:U wobble 配对数
   WobbleCount: integer;
}

        

.NET clr type reference tree

this clr type has no other .net clr type reference.

---