TargetFinder {SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.siRNAHit}

.NET clr documentation

TargetFinder

Description

TargetFinder 小RNA靶标预测算法实现。

核心：将 miRNA 反向互补为正向 query，与候选 mRNA 做 Smith-Waterman 局部 比对，再从比对串中按 miRNA 5'→3' 逐位施加位置权重罚分，最后按四条规则过滤。 参考 siRNA.md 给出的 ssearch35 参数：-r +15/-10。

Declare

            
# namespace SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.siRNAHit
export class TargetFinder {
   MaxStrictMismatch: integer;
   MaxTotalMismatch: integer;
   MaxWobble: integer;
   MinHitLength: integer;
   ScoreCutoff: double;
}

        

.NET clr type reference tree

this clr type has no other .net clr type reference.

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