GenomeAnalyzer {SMRUCC.genomics.Analysis.PanGenome}

.NET clr documentation

GenomeAnalyzer

Description

泛基因组分析器

整个分析过程被重构为：

1. 索引化：在分析开始之前，一次性把所有的字符串主键（基因ID、基因组名、家族ID） 映射为连续的整数下标，后续的热循环全部在并行数组(Int32)上进行， 避免上百万次的字符串哈希查找；
2. 去二次化：直系同源分组（例如cd-hit的cluster）直接做 k-1 次并查集合并， 不再生成 O(k^2) 的两两配对中间对象；共线性分析不再对每个基因组对做全基因表扫描； 泛基因组曲线由 O(迭代数 x 基因组数 x 家族数) 的全表扫描改为 O(迭代数 x 基因数) 的增量计数；
3. 并行化：家族聚类之后相互独立的计算单元（基因家族、基因组对、蒙特卡洛迭代） 全部通过 Parallel 做数据并行。

Declare

            
# namespace SMRUCC.genomics.Analysis.PanGenome
export class GenomeAnalyzer {
   CNV_Gain_Factor: double;
   CNV_Loss_Factor: double;
   CoreThreshold: double;
   # 泛基因组曲线的蒙特卡洛模拟迭代次数
   CurveIterations: integer;
   MinCollinearGenes: integer;
   # 是否在共线性结果之中保留逐基因的同源配对数据？
   RetainOrthologyLinks: boolean;
   ShellThreshold: double;
   SoftCoreThreshold: double;
   # SV结构变异的信息熵散点图所使用的KMeans簇数（默认4，对应四类进化模式象限）
   SVClusterCount: integer;
}

        

.NET clr type reference tree

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