CollinearBlock {SMRUCC.genomics.Analysis.PanGenome}

.NET clr documentation

CollinearBlock

Description

共线性区块定义

区块除了记录参与共线性的两个基因组/染色体之外，还会记录区块在这两条染色体之上 所覆盖的起止坐标(CollinearBlock.Start1 / CollinearBlock.End1 / CollinearBlock.Start2 / CollinearBlock.End2， 分别取区块内所有基因的最小起始位点与最大终止位点)，这样子就可以直接用于共线性绘图。

Declare

            
# namespace SMRUCC.genomics.Analysis.PanGenome
export class CollinearBlock {
   Chr1: string;
   Chr2: string;
   # 区块在基因组1的 CollinearBlock.Chr1 之上的终止位点（区块内所有基因的最大终止位点）
   End1: integer;
   # 区块在基因组2的 CollinearBlock.Chr2 之上的终止位点（区块内所有基因的最大终止位点）
   End2: integer;
   # 区块内的同源基因对数量（自动兼容摘要模式）
   GenePairCount: integer;
   Genome1: string;
   Genome2: string;
   # 区块在基因组1之上的长度（bp），没有坐标信息的时候返回0
   Length1: integer;
   # 区块在基因组2之上的长度（bp），没有坐标信息的时候返回0
   Length2: integer;
   # 区块内的同源基因对数量，当 CollinearBlock.OrthologyLinks 为 Nothing 的时候使用这个属性做统计
   LinkCount: integer;
   # 区块包含的基因对
   OrthologyLinks: OrthologyLink[];
   # TODO: 评估指标：得分或E-value
   Score: double;
   # 区块在基因组1的 CollinearBlock.Chr1 之上的起始位点（区块内所有基因的最小起始位点）
   Start1: integer;
   # 区块在基因组2的 CollinearBlock.Chr2 之上的起始位点（区块内所有基因的最小起始位点）
   Start2: integer;
}

        

.NET clr type reference tree

1. use by property member OrthologyLinks: OrthologyLink

---