KrakenReportRecord {SMRUCC.genomics.Analysis.Metagenome.Kmers.Kraken2}

.NET clr documentation

KrakenReportRecord

Description

用于存储 --report 文件中每一行的数据。这个文件提供了整个样本的分类汇总统计，非常直观。

--report 文件是 taxon-centric 的，关注点是“每个分类单元包含了多少 reads”。

Declare

            
# namespace SMRUCC.genomics.Analysis.Metagenome.Kmers.Kraken2
export class KrakenReportRecord {
   # 分配到该分类单元（及其所有后代）的 reads 数量占样本中总分类 reads 数量的百分比。
   Percentage: double;
   # 表示该分类单元在分类学树中的等级。 U: 未分类 R: 根 D: 域 K: 界 P: 门 C: 纲 O: 目 F: 科 G: 属 S: 种 S1, G1 等：有时用于表示亚种或未分类的属/种。
   RankCode: string;
   # 分配到该分类单元或其任何下级分类单元的 reads 总数。(该节点及子节点读数)
   ReadsAtRank: integer;
   # 直接分配到该节点的读数，直接分配到该分类单元，而不是其任何子节点的 reads 数量。
   ReadsDirect: integer;
   # 该分类单元的科学名称。
   ScientificName: string;
   # 该分类单元的 NCBI Taxonomy ID。
   TaxID: integer;
}

        

.NET clr type reference tree

this clr type has no other .net clr type reference.

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