KrakenOutputRecord {SMRUCC.genomics.Analysis.Metagenome.Kmers.Kraken2}

.NET clr documentation

KrakenOutputRecord

Description

用于存储 --output 文件中每一行的数据，这个文件详细列出了每一条序列（read）的分类结果。每一行对应一条 read。

--output 文件是 read-centric 的，关注点是“每一条 read 被分到了哪里”。

Declare

            
# namespace SMRUCC.genomics.Analysis.Metagenome.Kmers.Kraken2
export class KrakenOutputRecord {
   # LCA映射详情, 使用字典来存储 k-mer 的分配详情，键是 TaxID，值是 k-mer 数量
   # 
   # 这是一个由空格分隔的列表，详细描述了该 read 中所有 k-mer 的分配情况。 格式为 [TaxID]:[k-mer数量]。 0 是一个特殊的 TaxID，通常代表未分类的 k-mer（即数据库中没有匹配的 k-mer）。0:6 表示有 6 个 k-mer 未被分类。
   LcaMappings: list;
   LCASupport: double;
   LCATaxids: integer;
   # 该 read 的碱基数量。
   ReadLength: integer;
   # 输入的 FASTQ 文件中该 read 的序列标识符。
   ReadName: string;
   # "C" or "U"
   # 
   # C: Classified (已分类)。表示 Kraken2 成功为该 read 分配了一个分类单元。 U: Unclassified (未分类)。表示该 read 未能被分配到任何数据库中的分类单元。
   StatusCode: string;
   # 这是 Kraken2 最终分配给该 read 的分类单元的 NCBI Taxonomy ID。这个分类单元是该 read 上所有 k-mer 的最低共同祖先。
   TaxID: integer;
   # biom style taxonomy string
   Taxonomy: string;
}

        

.NET clr type reference tree

1. use by property member LcaMappings: list

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