GeneRegulatoryGraph {SMRUCC.genomics.Analysis.GEARS.Graph}

.NET clr documentation

GeneRegulatoryGraph

Description

基因调控图：由先验调控网络构建用于 GNN 消息传递的异质有向图

本类型负责 readme 中 Step 1 的工作：把 PriorNetwork 中的 TF → TargetGene 调控关系转换为 GNN 的图结构，并且可选地根据 control 表达谱的 相关性追加共表达边（GEARS 双通道设计中的「共表达协方差图」）。

除了构建 Graph 之外，这里还会预先把入边按照目标节点分组缓存为 稀疏邻接结构（源节点索引 / 关系类型 / 归一化权重），供 GEARSConvLayer 做 O(|E|) 的稀疏聚合，避免 350+ 节点场景下 稠密邻接矩阵乘法带来的巨大开销。

Declare

            
# namespace SMRUCC.genomics.Analysis.GEARS.Graph
export class GeneRegulatoryGraph {
   # 基因名称到节点索引的映射（大小写不敏感）
   GeneIndex: list;
   # 基因名称列表，顺序与表达矩阵的行顺序严格一致
   GeneNames: string;
   # GNN 图结构对象
   Graph: Graph;
   # 追加的共表达边数量
   NumCoExpressionEdges: integer;
   # 基因数量（图中的节点数量）
   NumGenes: integer;
   # 实际生效的调控边数量（不含共表达边与自环）
   NumPriorEdges: integer;
   # 图中每种关系类型的边数量统计
   RelationTypeCounts: integer;
}

        

.NET clr type reference tree

1. use by property member GeneIndex: list
2. use by property member Graph: Graph

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