CorrelationMatrixStore {Microsoft.VisualBasic.Math.Matrix}

.NET clr documentation

CorrelationMatrixStore

Description

带符号相关矩阵的磁盘持久化存储（读端）

由 CorrelationMatrixWriter 写入、本类负责读取。针对 N = 5 万级别的 稠密相关矩阵（10 GB 级原始数据）设计，支持三类查询，全部不需要把矩阵载入内存：

• 点查 ：(gene1, gene2) → (cor, pvalue)，一次块读，毫秒级；
• 邻域查询 ：基因 + 阈值 → |cor| ≥ 阈值的邻居列表，一次块读 + 行内线性扫描；
• 全库流式筛选 ：按阈值遍历全部行块，Iterator 流式产出边表，

供阈值过滤实验直接生成网络，不物化中间结果。

p 值不持久化，由相关系数与样本数 n 按需重算（CorrelationPValues.PValue()）。 热行缓存为小容量 LRU（默认 64 行），多线程并发读通过 RandomAccess.Read 显式偏移实现，无需加锁（缓存链表本身有锁保护）。

支持两种打开方式：

• ：文件路径模式（数据文件 + {path}.index 索引文件）；
• ：外部 Stream 模式——矩阵数据与索引分别从

调用方提供的两个自定义流读取（与 的流模式构造配套）， 数据流要求可读且可查找；若实际是 会自动走无锁句柄读路径， 其他流走 Seek + Read + 锁。

Declare

            
# namespace Microsoft.VisualBasic.Math.Matrix
export class CorrelationMatrixStore {
   # 基因 ID 表（行序与写入时的声明顺序一致）
   genes: string;
   # 计算相关系数时使用的样本数（p 值重算依据）
   SampleN: integer;
   # 矩阵规模 N（基因数量）
   size: integer;
   # 数据文件路径（文件模式）；外部 Stream 模式返回 Nothing
   storeFile: string;
}

        

.NET clr type reference tree

this clr type has no other .net clr type reference.

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