metaTraits

require(GCModeller);

#' toolkit for the microbial phenotype (Traitar) svm models
imports "metaTraits" from "annotationKit";

toolkit for the microbial phenotype (Traitar) svm models

该工具集把生物表型的 SVM 训练与预测管线暴露给 R# 环境：

1. 通过 R# 函数 load.phenotype_traits 读取表型定义表， 每一种表型按照其数据类型（boolean / categorical / numeric）对应一个 SVM 模型实例（C_SVC 或者 EPSILON_SVR）；
2. 通过 R# 函数 pfam.embedding 把各微生物基因组所预测的蛋白质组 Pfam 结构域组成嵌入为 per-genome 归一化的特征向量；
3. 通过 R# 函数 train.phenotype_models 训练出全部表型的模型， 并通过 save.trait_models 落盘为 json 模型仓库；
4. 通过 R# 函数 make_predicts 使用模型仓库预测新基因组的全部表型。